MTs Al-Multazam menerapkan sistem boarding school, yakni paket sekolah yang berbasis pesantren. Siswa yang bersekolah di MTs Al-Multazam wajib untuk berdomisili di asrama yang telah disediakan, serta melakukan program wajib belajar 6 tahun. Program madrasah yang berlaku bersistem full day school, dengan kombinasi mata pelajaran umum dan agama.